Bis 1821 war die örtliche Steuerbehörde zunächst als "Kastenamt", ab 1806 als "Kgl. Bayer. Rentamt" in Räumen des Rathauses untergebracht. Von 1821 bis 1894 stand dem Kgl. Bayer. Rentamt das ehemalige Spitalgebäude im Stadtkern zur Verfügung, bis dann auf dem Tauschweg das Anwesen Schrobenhausen, Bürgermeister-Stocker-Ring 32, erworben wurde. Es wird heute noch im Volksmund als "Altes Rentamt" bezeichnet. Im Jahre 1894 wurde in dem zum "Alten Rentamt" gehörigen Garten ein zweigeschossiger Neubau errichtet und das Rentamt dorthin verlegt. Im Laufe der Jahre erwies sich aber dieser Neubau als zu klein, so dass im Jahre 1911 ein zweites Oberschoß aufgebaut werden musste. Als dann nach dem Ersten Weltkrieg im Jahre 1919 die Reichsfinanzverwaltung errichtet wurde, bekam das ehemalige Kgl. Bayer. Rentamt seine heutige Bezeichnung "Finanzamt Schrobenhausen", jetzt Bürgermeister-Stocker-Ring 30.

Die Tradition des Finanzamts Schrobenhausen ist nur durch eine kurze, vom 2. Juli 1932 bis 30. Juni 1933 dauernde Zusammenlegung mit dem damaligen Finanzamt Aichach unterbrochen worden. Am 18. April 1945 wurde das Finanzamtsgebäude im Verlauf der letzten Kriegstage von amerikanischen Soldaten besetzt und als Truppenunterkunft verwendet, bis es am 1. September 1946 wieder seiner bestimmungsgemäßen Verwendung zugeführt wurde. In dieser Zeit war das Finanzamt Schrobenhausen im benachbarten Amtsgerichtsgebäude behelfsmäßig untergebracht.

Im Zuge von Renovierungsarbeiten erfolgte im Jahre 1963 der Einbau einer Zentralheizungsanlage und 1971 die Erneuerung des Treppenhauses. "Feuer im Finanzamt". Dieser Ruf ertönte am 7. Oktober 1965 in der Stadt Schrobenhausen. Die "Freude" mancher Steuerzahler war jedoch verfrüht; es brannte nur das Nebengebäude - Holzlege und Fahrradunterstellhalle - durch fahrlässige Brandstiftung ab. Im Jahre 1966 wurde am gleichen Platz eine Garage und eine Fahrradunterstellhalle sowie ein Geräteraum neu errichtet. Die seit dem Jahre 1911 bestehende Vorsteherdienstwohnung wurde am 23. November 1973 aufgelassen, um die Grunderwerbsteuer- und Kraftfahrzeugsteuerstellen unterbringen zu können.

Nach Beendigung der Renovierungsarbeiten an den Dienstgebäuden Bürgermeister-Stocker-Ring 30 und Rot-Kreuz-Straße 2 im Dezember 1980 wurden gleichzeitig mit der Übernahme von Arbeitsgebieten der Außenstelle Neuburg (Finanzkasse, Vollstreckung, Bewertung, Lohnsteuerstelle für Arbeitgeber) die beiden Dienstgebäude neu belegt; das bisherige Amtsgebäude (Bürgermeister-Stocker-Ring 30) mit der Finanzkasse, der Vollstreckungsstelle, der Grunderwerbsteuerstelle sowie der Prämienstelle. Im ehemaligen Amtsgerichtsgebäude (Rot-Kreuz-Straße 2) sind die Amtsleitung, der Veranlagungsbereich, die Rechtsbehelfstelle und die Lohnsteuerstelle untergebracht.

Mit der Außenstelle Schrobenhausen des Staatlichen Gesundheitsamtes Neuburg, der Hausmeisterwohnung des Finanzamts Schrobenhausen und der Kraftfahrzeugsteuerstelle wurde das Dienstgebäude Bürgermeister-Stocker-Ring 32 belegt.

1982 wurde im Zusammenhang mit der Umstellung des Amtes auf das automatisierte Kassenprogramm IABV infolge eine Datenerfassungsstelle im Gebäude am Bürgermeister-Stocker-Ring 30 eingerichtet.

Größere Veränderungen erfolgten dann in den Jahren 2001 und 2002. Zunächst wurde 2001 die Grunderwerbsteuerstelle wegen der dort erfolgten Zentralisierung für mehrere Finanzamtsbezirke an die Außenstelle Neuburg abgegeben. Das Dienstgebäude Bürgermeister-Stocker-Ring 32 wurde, nachdem die Außenstelle des Staatlichen Gesundheitsamtes schon vorher ausgezogen war, grundlegend umgebaut und darin die Arbeitnehmerstelle, die Vollstreckungsstelle, die Kraftfahrzeugsteuerstelle und das neu geschaffene Servicezentrum untergebracht, später ab 2005 auch noch die Datenerfassungsstelle. Die für den 11. September 2001 geplante Einweihung musste wegen der Terroranschläge in New York an diesem Tag entfallen.

In 2002 wurden im Rahmen einer Optimierung von Finanzamt und Außenstelle weitere Stellen zentralisiert: Beim Finanzamt Schrobenhausen die Veranlagung der Personengesellschaften, bei der Außenstelle Neuburg die Rechtsbehelfsstelle, die Betriebsnahe Veranlagung und die Umsatzsteuer-Voranmeldungsstelle. Die Aufteilung der Veranlagungs- und der Arbeitnehmerstelle erfolgte nicht mehr nach der Belegenheit in den Altlandkreisen Schrobenhausen oder Neuburg, sondern die zusammengelegten Steuerfälle wurden nach dem Alphabet aufgeteilt: Für die Buchstaben von A bis K wurde das Finanzamt Schrobenhausen, für die Buchstaben von L bis Z die Außenstelle Neuburg zuständig. Später wurde noch aus personellen Gründen im Arbeitnehmerbereich der Buchstabenbereich ab F an die Außenstelle Neuburg abgegeben.

Ende April 2014 wurde die Zuständigkeit für die Kraftfahrzeugsteuer an die Zollverwaltung abgegeben. 
Zum 1. Oktober 2014 wurde beim Finanzamt Schrobenhausen eine Zentralkasse eingerichtet, die die Kassenausgaben auch für die Finanzämter Ingolstadt, Eichstätt und Pfaffenhofen übernommen hat.

Das ehemalige Rentamt Neuburg an der Donau war im so genannten Landschaftsgebäude in der Altstadt untergebracht. Das Landschaftsgebäude diente in den herzoglichen Zeiten den Tagungen der Landschaft (Ständevertretung). Im Jahre 1902 erwarb das Finanzarar von dem Baugeschäft Stettner in Neuburg an der Donau den so genannten Schanzacker (jetzige Bahnhofstrasse) und erbaute darauf im Jahre 1905 ein neues Finanzamtsgebäude mit Amtsräumen, Vorsteher- und Hausmeisterwohnung. Im Jahre 1929 wurde das Finanzamt Rain am Lech aufgelöst und dem Finanzamt Neuburg a.d. Donau zugeteilt. Auf einer Teilfläche des Finanzamtsgrundstücks wurde 1971 das Staatliche Gesundheitsamt Neuburg erbaut.

Die Neugliederung der bayerischen Finanzämter im Zuge der Gebietsreform machte aus dem bisherigen Finanzamt Neuburg a.d. Donau ab 1. Juli 1973 die Außenstelle Neuburg a.d. Donau des Finanzamts Schrobenhausen.

In diesem Zusammenhang erfolgte noch im gleichen Jahr die Verlegung der Kraftfahrzeugsteuerstelle an das Stammfinanzamt Schrobenhausen.

Im Zuge der Gebietsreform wurden 1980 zudem die Finanzkasse, die Vollstreckungsstelle, die Bewertungsbezirke und die Lohnsteuerstelle für Arbeitgeber der Außenstelle Neuburg vom Stammfinanzamt Schrobenhausen übernommen.

Eine Aufwertung gab es im Sommer 2001, als der Außenstelle Neuburg die zentrale Zuständigkeit für die Festsetzung der Grunderwerbsteuer für die Landkreise Fürstenfeldbruck, Dachau, Pfaffenhofen und Neuburg-Schrobenhausen übertragen wurde.

Die letzte größere organisatorische Änderung gab es im Frühjahr 2002: Die bis dahin regionale Zuständigkeitsabgrenzung für die Festsetzung von Einkommen-, Gewerbe- und Umsatzsteuer zwischen dem Stammfinanzamt Schrobenhausen und seiner Außenstelle wurde aufgegeben. Nunmehr gilt das Alphabet: Steuerbürger mit den Anfangsbuchstaben A bis K im Familiennamen werden nun in Schrobenhausen, diejenigen ab L in Neuburg veranlagt. Sie merken von dieser Änderung letztendlich wenig: Persönliche Vorsprachen sind im nächstgelegenen Servicezentrum und die telefonische Kontaktaufnahme ist über die gemeinsame Nummer 08252-918-0 möglich.

Nach Übergabe des Dienstgebäudes Bahnhofstrasse 108 an die Polizeiinspektion Neuburg konnten die noch verbliebenen Arbeitsgebiete der Außenstelle 1981 in dem vom Landkreis Neuburg-Schrobenhausen erworbenen Dienstgebäude Fünfzehnerstrasse 7 (ehemaliges Landratsamtsgebäude) untergebracht werden.

Der vordere Teil des Landratsamtsgebäudes wurde 1994 abgerissen und durch einen Neubau ersetzt. Die endgültige Fertigstellung und Bezugsfertigkeit des neuen Dienstgebäudes erfolgte im Februar 1997. Nach dem Einzug wurde der hintere Teil des alten Landratsamtsgebäudes ebenfalls abgerissen, so dass Anfang 1998 die überdachten Kfz-Stellplätze für die Amtsangehörigen sowie die Außenanlagen fertig gestellt werden konnten.

Mit dieser Baumaßnahme fügt sich die Finanzamtsaußenstelle Neuburg harmonisch in das Gesamtbild des Straßenzugs ein.